С 1998 по 2002 годы система училась искать разные форматы документов, включая изображения, новости, товарные описания.
С 2002 по 2005 годы начался активный период создания коммерческих интернет-ресурсов, быстро заполоняющих рынок. Конкуренция росла, и за первые места в поисковой выдаче началась борьба. Основным методом продвижения стал обмен ссылками. В этот же период появились первые сервисы, обеспечивающие ссылочный обмен на автоматическом уровне. Продвижение в те годы было элементарным: обменяться линками, зарегистрироваться в тематических каталогах и гарантированно получить место в ТОПе. Бороться с автоматизированными сервисами Яндекс научился только в 2005 году. Тогда и была произведена первая глобальная «чистка» сайтов в поисковой выдаче.
С 2006 по 2007 годы начался период, который называют расцветом ссылочного ранжирования. Автоматизировались процессы закупки ссылок с главных страниц сайтов, а после – и с внутренних. Начала работать самая большая биржа ссылок – Sape.
17 января 2008 года – появляется первый поисковый алгоритм с собственным именем 8 SP1. Руководство Яндекса сообщает, что с этих пор все будущие поисковые алгоритмы будут носить названия населенных пунктов. Игра в «города» продолжилась на долгие годы: Яндекс начал достаточно серьезную борьбу со ссылочным продвижением. Сотни сайтов, пользующихся услугами ссылочных бирж, лишились «насиженных» позиций. В этот же период возникает понятие «непот-фильтра». Чуть позже жесткую борьбу пришлось немного смягчить, так как качество поисковой выдачи снизилось.
16 мая 2008 года – появление алгоритма «Магадан». В ТОП возвращаются сайты, продвигаемые с помощью покупных ссылок. Начинается учет траста. Яндекс начинает индексацию зарубежных ресурсов.
2 июля 2008 года – запуск «Магадан 2.0». В алгоритме впервые учитывается уникальность текстового контента. Поисковые запросы делят по географическому признаку. Появляются первые коммерческие запросы. Еще более важным становится фактор возраста ресурса (посредники начинают метаться в поиске старых доменов, массово скупая их).
12 сентября 2008 года – «Находка». Усовершенствована работа с тезаурусом: наличием стоп-слов в запросах, различными вариантами написания слов и т.п. Усилены фильтры, борющиеся с клоакингом и принудительным редиректом.
10 апреля 2009 года – «Арзамас». Старт полноценной региональной выдачи: результаты по поисковым запросам начинают зависеть от месторасположения пользователя. С самого начала система работала с 19 регионами страны. Также алгоритм научил систему лучше воспринимать омонимы и опечатки.
17 ноября 2009 года – «Снежинск». Алгоритм работает по технологии «Матрикснет». Она основана на обучении системы с использованием асессоров – специальных сотрудников, которые определяют соответствие ресурса поисковому запросу. Алгоритм работает с учетом нескольких сотен факторов ранжирования. Начало разговоров об учете поведенческих факторов, основанных на поведении пользователей на сайтах. 15 октября 2010 года появилось подтверждение существования поведенческих факторов.